生物信息学编程,选Python语言,可行吗?
你是生物信息专业的?你们学编程没?都学了些什么语言?
IT专业,现在学这块还蛮吃香的啊 ,不仅好找工作,而且工作环境还好 ,近几年发展迅速是跟IT行业息息相关的,无论是科技研发、网络开发、网站建设等等都离不开IT行业。
生物信息学编程,选Python语言,可行吗?
生物信息学编程,选Python语言,可行吗?
生物信息学编程,选Python语言,可行吗?
可以去专门电脑学校看看
我原来不是学生物的,也不是学计算机的。出于兴趣和好奇,我研究生期间的研究方向是生物信息学,一个全新的研究方向。
目前我学的主要语言是PerL,并且我也在努力的学习LINUX系统的作。
应该学习Perl语言和Linux系统的一些作。
生物信息学编程,选Python语言可行吗
python对于业余人士,特别是科研人员来说,非常好。目前看来,几乎是的语言。
不过,这个要看你们学校里,或者是科研单位上用什么语言。
比如你们学校里流行ja或者是C语言,那么你用python编程可能就有不合群的感觉。
不过国外的大学里,大部分都将python作为一个基本工具来用的。几乎每个都在用它做教学科研。
请大家和我讲讲生物信息学和编程的关系~
测序出来的数据量很大,用excel之类统计不行,所以编些程序在非windows系统下进行统计工作。可以把学编程理解为编软件。好好学perl,很重要,进小生信公司就看你perl编程的能力,其他的全是扯淡。
学编程呢,其实既是学习一种工具,也是学习一种思想。
很多领域都是涉及计算的,而计算都有其公式或计算方式,也就是说其实是可以用一个模板一个模式来解决的,很多时候,自己就可以设计一个简单实用的小应用程序给自己,这是很有趣也很的。即便不是涉及计算,我们也可以编写些小应用程序给自己日常工作带来方便。
我是做户外家具生意的,但我也是计算机科班出身,所以很有意思的,我用的库存订单管理系统都是自己写的,客户管理系统也都是自己写的,这样什么时候用的不舒服了要改动了,自己很快就可以解决,整个流程也是最实用于自己的。技多不压身嘛。
编程和生物信息学的关系?
dna链的翻译,相当于程序中,将脚本语言执行的过程。
我只能联想到这个了。。。
还有,好像dna很神奇,有个说,dna的信息量相对生物来说太少,所以,他们预测,dna并不是承载生物体所有信息的东西。dna更像程序中的脚本语言。。
比如,把果蝇的眼睛的基因,替换到山羊的dna链中,山羊长的还是单眼,不是果蝇的复眼,说明dna只是脚本。
搞生物信息学研究需要哪些计算机语言基础
Perl用的最多,因为它处理文本非常方便
如果你要搞基因组组装的话,还要用到C和C++,因为后两种语言执行速度更快
R语言也要学一下,因为搞生物信息学研究时必定要作图的
总得来说,先把Perl学好吧,这个是最基本的工具
教材:《Perl语言入门》 (小骆驼书)
最起码也得会C语言,能搞编程,当然会的越多越好。不过你的英文也得好,很多生物专业名词还是要明白的
c++
生物信息学用不用ja
在2014年暑期的“龙星课程”上,美国癌症中心的Han Liang说过,做生物信息学一定要精通一门编程语言,不论哪种,一种就够。就本人学生物信息学以来的了解,就知道可以用C、C++、MATLAB、R、python、SPSS等语言作出相同的结果,不同的语言有不同的好处,只是处理的方式、快慢、方便不一样,虽然我不了解Ja,但是感觉殊途同归,Ja是可以进行图像处理的好软件,说明是可以进行算法编译的,如果你是做生物信息算法的,那么可以与MATLAB相同的功能,如果你做数据库统计,那么需要你自己开发了,虽然不如R语言,怎么说也是可以开发的。生物信息学中的编程语言只是工具,和英语是一样的地位,主要是你做的研究,别人只会看到你做的东西的结果和算法过程,而不会过问程序编译。希望能够帮到你。
好像要学习下,数据库吧,统计方面多一些?
懂一点比较好,但不硬性要求。
生物信息学需要掌握C++吗?
博士做的课题应该也能勉强划入生物信息的范畴,强答一下。博士至今两年,大概一年半花在码代码上,码的代码是C++。最早我的算法是用MATLAB写完的时候,我的工作站(12核志强)大概得跑一年多才能跑完我想跑的(其实是老板想要的)东西。我想着这不行,博士毕不了业了。后来入坑C++,虽然十多年前初高中接触过C++,可是如今的C++已经几乎面目全非,说的就是C++11,边实现算法边学,期间大概学了怎么写并行,怎么写cache友好的代码,怎么跨平台,也包括怎么写matlab的mex扩展以及未来打算也写一个Python的扩展。随着不断的学习,算法也有改进,目前是大概半个月就能把我想跑的东西跑完了。如果跑出来的结果能发多一点牛一点的,就好了。
要是想入门的话,还是先别想着学什么语言了,先结合着论文把各种类型的应用场景跑一跑,比如:医学检测类(reads-bam-vcf-注释excel),转录组方向(比对计算异表达基因等),基因组装方向,微生物风度/多样性计算,肿瘤方向等。再说编程语言,比较基础的底层的工具如比对,组装用C/C++的比较多,以后估计也是,但是感觉好像该有的不多都有了。变异检测GATK,JAVA写的,够用。也有其他的比如SV/CNV检测可以再发展发展,语言无所谓,速度凑合。准确性要有保障就行。最上层的就是数据展示了,学学R,JS之类的,看上去才高大上。总之,做生物信息的别把自己真当成程序员,入门时候多研究生物问题,有基础了多搞搞统计算法,等你有威望有声誉时候规划几个HGP层级的项目
生物信息学编程,选Python语言可行吗
生物信息学编程,任何计算机语言都可以, 语言是工具,人脑思想才是核心。 不过,Python语言有点小众,我还是建议你用c语言或者c++,这样编写的程序可以方便移植到Linux里面,
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