反向互补序列(dnaman反向互补序列)

python编程，获取一段序列的反向互补序列，需要多种方法

RULE={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C'}

反向互补序列(dnaman反向互补序列)

反向互补序列(dnaman反向互补序列)

DNA_LIST='CATGCATCGT'

print "".join(map(lambda x:RULE[x],DNA_LIST))[::-1]

s = ""

for i in DNA_LIST:

if i == "A":

s = s+"T"

if i == "T":

s = s+"A"

if i == "C":

s = s+"C"

if i == "G":

s = s+"G"

print s

#!/usr/bin/perl -w

# Author: yqy_135

# Program name: fasta-re.pl 用于反转（反向互补）fasta格式序列

open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("nError: Couldn't open input file (.txt) !nn");

my $filename = $ARGV[0];

$filename =~ s/.txt//;

open (OUT,">$filename.fas");

$/= ">";

while ()

{next unless (my ($id,$seq) = /(.?)n(.)/s);

$seq =~ s/[ds>]//g;#remove digits, spaces, line breaks,...

# rrse $seq;

my @lxm=split(//,$seq);

@lxm = rrse @lxm;

$seq=join "", @lxm;

$seq=~ tr/AGCT/TCGA/;

print OUT ">"."$idn$seqn";

};

——————————————————————更新

上面的程序就是针对文件的，只要你是fasta格式就行，用法为

perl fasta-re.pl 你的fasta文件名

自动生成反向的fasta格式文件

问题补充：如果希望通过点阵图方法发现一条序列中反向互补的序列片段，那么如何若出现反向重复序列，会在点阵图上出现一段和原描点方向相垂直的一系列点。

perl编程问题 FastA序列反向互补

#!/usr/bin/perl -w

# Author: yqy_135

# Program name: fasta-re.pl 用于反转（反向互补）fasta格式序列

open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("nError: Couldn't open input file (.txt) !nn");

my $filename = $ARGV[0];

$filename =~ s/.txt//;

open (OUT,">$filename.fas");

$/= ">";

while ()

{next unless (my ($id,$seq) = /(.?)n(.)/s);

$seq =~ s/[ds>]//g;#remove digits, spaces, line breaks,...

# rrse $seq;

my @lxm=split(//,$seq);

@lxm = rrse @lxm;

$seq=join "", @lxm;

$seq=~ tr/AGCT/TCGA/;

print OUT ">"."$idn$seqn";

};

——————————————————————更新

上面的程序就是针对文件的，只要你是fasta格式就行，用法为

perl fasta-re.pl 你的fasta文件名

自动生成反向的fasta格式文件

这是反向互补吗？这不只是互补而已吗？我觉得反向互补应该得到的序列是CTAGGTCA。

这是我写的程序，算法比较笨。。。

#!usr/bin/perl/-w

print "put in";

$a=;

chomp($a);

@q=split (//,$a);

@p=rrse @q;

foreach my $i (@p){

if ($i eq "A"){print "T";}

elsif ($i eq "T"){print "A";}

elsif ($i eq "G"){print "C";}

elsif ($i eq "C"){print "G";}

}

好好研究一下tr和rrse的使用方法即可。

reserve就是了

什么叫“反向互补序列”？？？？？？？？

举个栗子吧，呵呵

原序列：aattccgg

则反向序列为：ggccttaa

就是原序列反过来；

互补序列：ttaaggcc

就是与原序列互补；

反向互补：ccggaatt

就是与反向序列互补。

互补的概念就是a-t，c--g配对

p表示5'端的那个磷酸，是标记方向用的。也可写作5'-AGATTAAGCC-3'

反向互补序列是3'-TCTAATTCGG-5'，也可写作pGGCTTAATCT

什么叫“反向互补序列”？？？？？？？？

p表示5'端的那个磷酸，是标记方向用的。也可写作5'-AGATTAAGCC-3'

反向互补序列是3'-TCTAATTCGG-5'，也可写作pGGCTTAATCT

举个栗子吧，呵呵

原序列：AATTCCGG

则反向序列为：GGCCTTAA

就是原序列反过来；

互补序列：TTAAGGCC

就是与原序列互补；

反向互补：CCGGAATT

就是与反向序列互补。

互补的概念就是A-T，C--G配对

如何将核苷酸序列转换成反向互补序列

要将核苷酸序列转换成反向互补序列，需要用DNASTAR软件，其中有EditSeq组件。用法很简单，如图示：

DNASTAR软件有吗？里面的EditSeq软件，看图示吧

VB如何实现反向互补序列，如将CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC 转换为：GTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCG

设个字符串数组 大小为序列的长度 挨个读出每一个字符 用互补的替换了 然后再反向打印出来

用contig 1软件将上述两段序列拼接后，用拼接结果的反向互补序列进行BLAST。BLAST结果显示，你的菌株与动物乳杆菌，鼠乳杆菌，乳酸乳球菌Max ident均为96%。 2011/8/6 7:38:15

不在引物上，应该没啥问题。如果PCR产物特异性，建议适当提高退火温度或者换用保真度高的酶。

如果非要认为模板特殊结构有影响的话，不妨试着调整一下PCR 缓冲液的成分，针对不同的结构有专用缓冲液。

祝楼主好运！ 2011/8/6 18:01:42