imagej细胞计数常见问题(imagej数细胞数)

imagej细胞计数步骤

自动细胞计数

imagej细胞计数常见问题(imagej数细胞数)

imagej细胞计数常见问题(imagej数细胞数)

-壹-

导入图像

打开想要处理的图像，这里我们以一张DAPI免疫荧光染色的照片为例进行说明。如下图。

点击File>Open>打开准备好的图像，也可将直接拖动到菜单栏，即可打开。如下图。

-贰-

将图像转为8-bit

首先需要将转为黑白灰的图像，方便后续识别细胞。

点击Image>Type>8-bit，此时即已被去色。

-叁-

调整阈值，去除背景，选中细胞

①点击Image>Adjust>Threshold对阈值进行调整，主要是为了选择细胞区域；

②因为利刃君这里选择的是B&W（Black and White），所以图像中黑色的区域就是已经选中的区域，这里可以进行更改，如若改为red，则红域为选中的区域；

③另外我们发现Threshold窗口中有两个调节框，我们可以通过左右拖动调节框中的滑块对选择的区域进行调整。原则是尽可能的包含所有的细胞同时去除背景中的杂质。

④拖动完成后点击Apply，这样阈值就设置好了。

-肆-

填补细胞核的空隙

在调节阈值减少背景的同时，可能细胞的一些不均匀部分也被减弱了，这时就需要进行空隙填补，使得细胞变成实心球形来使自动细胞计数的结果更加可靠。

点击Process>Binary>Fill Holes即可，如果没有出现细胞有空隙的情况，则这一步就不需要进行。

-伍-

打断细胞核的重叠部分

细胞密度比较大时，通常会有细胞重叠或者贴近的情况。就会导致软件识别时将两个粘连在一起的细胞识别为一个，这时我们就需要利用Watershed自动识别重叠部分，随后再将两个细胞分离开来。

点击Process>Binary>Watershed，此时可以看到粘连在一起的细胞已经被分开。

-陆-

自动分析、计数颗粒

点击Analyze>Analyze Particles，出现Analyze Particles界面，根据处理图像的不同，设置不同的参数。

Size：0.05-Infinity——指分析颗粒尺寸大于0.05（一定注意这里的单位是inch），一直到无穷大的颗粒。（根据细胞大小，以及结果好坏来更改）一般可以通过选框工具选择小的细胞，点击Analyze>Measure来看一下其大小，如我们这里显示Area为104，我们就可以设置Size大小为90-Infinity。

Circularity：0.00-1.00——指圆度，可以根据细胞形状，调整需要的圆度，1.00为标准圆，一般情况下只根据Size进行限制就可以了。

Show：Overlay——指原本上会展示出分析结果的外框。

Exclude on edges——处于边缘的颗粒不计入。

设置完成后，点击OK，即出现以下结果，Results窗口中显示了统计出的细胞的数目，并且显示了每个细胞的面积，一共为162个细胞。

显微镜计数需注意哪些问题红细胞

观察红细胞用血涂片在显微镜下观察，用样方法，注意随机取样，然后取平均数。因为血涂片边缘部分红细胞数量少，中间部分红细胞数量多。另外就是显微镜的使用过程，注意高倍镜下不能使粗准焦螺旋。

ImageJ 中文教程（细胞计数）

File->open，或者快捷键ctrl+o，打开所要编辑的

Image->Type->8-bit，灰度变换

Edit->Invert

Image->Adjust->Threshold，灰度阈值设定，拖动完成后点击Apply

Process->Binary-Fill Holes填补细胞核的空隙

Process->Binary-Watershed打断细胞核的重叠部分

Process->Noise->Despekle，去除离群点

Process->Smooth，图像平滑

Analyze->Analyze Particles，计数

image j怎样计数transwell细胞数

材料与方法

1. 1

Matrigel：Becton Dickinson Compary, - 20 ℃保存；

Tanswell plate：Costar ,USA , # 3422 ,聚碳酯膜微孔直径为8μm；

苏木素染液，梯度乙醇，溶液。

1.

2 趋化因子的制备 取传代第二天长势良好的NIH3T3细胞,无血清培养基轻柔漂洗两次; 加入无血清培养基,37℃,5 %CO2 培养24

h～48h，收集细胞培养上清；4 ℃,12 000rpm 离心,10 min ,取上清；0.22 μm 滤膜过滤除菌；分装,在- 20 ℃保存。

1. 3

transwell

培养板准备 所有作均需无菌作。-20℃保存的Matrigel 在冰上保2℃～8℃过夜融化。在冰上用预冷的枪头吸取100μl

Matrigel 加入冰预冷的300μl 无血清培养基中,充分混均。取上述稀释的Matrigel 25 μl 加入transwell

板上室,覆盖整个聚碳酯膜,37 ℃,30 min ,使Matrigel 聚合成胶。已铺好Matrigel的transwell

培养板置于37℃可保存2 周。

1. 4

Matrigel 侵袭实验(Matrigel Invasion

Assay)后的各组细胞用PBS 漂洗3 次。以常规方法用无血清培养基制备单细胞悬液,5 ×105个细胞/ ml

,每组细胞各分为两部分。胎盘兰拒染实验,细胞活力需大于95 %。Transwell 培养板上室加入100μl 细胞悬液( 5 ×104 个)

并加入无血清培养基200 ul 。Transwell 培养板下室加入500μl 趋化因子,37℃,5 %CO2 培养24

h。用湿棉签轻轻擦去Matrigel 凝胶和聚碳酯膜上表面的细胞。小心取出上室,用线拴住,并做好标记,用冰预冷的甲醇固定30

min。苏木素染色1 min。梯度乙醇脱水(80 % ,95 % ,100 %)

,透明。小心将聚碳酯膜自上室基底切取下来,置载玻片上中性树脂封片。附着于聚碳酯膜下表面的细胞在高倍镜下( ×400) 随机取6 个视野[1

] 计数,取平均数。重复实验两次。

ImageJ——共标细胞计数

参考这篇 基本作都不多~

工具：Fiji（包含更多插件的ImageJ） 个人感觉比普通的ImageJ好用

思路：统计几张中相同的ROI 即为共标细胞

但是可能会与手数有一些偏 我只是想定性 如果想要非常准确的结果可能不可以这样

这个时候细胞已经被打散，可以先计数一下

按图中勾选 size那里可以规定小的细胞

这个表示有202个细胞

显微镜白细胞技术常见技术误

显微镜发血细胞计数的误常见来源于技术误、固有误。技术误通常是由于作人员采血不顺利，稀释不准确，细胞识别错误等因素所造成。而固有误分为仪器误和分布误，仪器误是指仪器不够准确与精密带来的误。分布误或计数域误是指由于细胞分布不均匀等因素带来的细胞造成的。

通过规范作、提高熟练程度和校正仪器，排除异常标本的干扰，可以避免或纠正技术误和仪器误。同时，可以缩小计数域误或分布误，但是由于细胞分布不均匀，分布误难以消除。

扩展资料：

显微镜法血细胞计数使用的方法原理为显微镜视野下所见的“细胞数目和放大倍数的平方成反比”，也就是说，显微镜放大倍数愈高，视野愈小

，细胞越大，

细胞数愈小

（成反比）。例如：设我们将物镜由

4x提高到40x，倍数为原来的

10倍

，所以视野面积变为原来的1/100

（平方反比），所以细胞数目也变为原来的1/100

（设细胞是均匀分布的情况下）。

ImageJ-如何对特定范围的细胞进行面积和计数统计

上图所示的石蜡切片中，包含多种细胞类型，但我只想框定一个范围对特定细胞类型（导管）进行统计分析，在ImageJ中怎么作：

1. 将拖拽到ImageJ界面打开

2. 将转为灰度图

这样就可以只筛选框定范围内的特定的导管细胞的面积，和个数。

Results 中展示统计的细胞数目，面积信息，一次设置不好，可以叉掉 Results ，返回步骤5进行重新调整参数。

整理记录一下，希望可以帮助到更多的人

另外，ImageJ在作过程中怎么撤销上一步的作呢？一直没有找到撤销的快捷键或者方法。。。。。。